Именно в Воспитательном доме когда-то началась эпоха массовой вакцинации. В XVII веке ежегодно от оспы погибало около 1 миллиона человек, 85% которых составляли дети грудного возраста.

До введения оспопрививания в XVIII столетии эпидемии оспы «опустошали народонаселение России». В Западной Европе в это время уже стали распространяться «предохранительные прививки яда натуральной оспы (вариоляции)», молва о которых дошла и до России, где в 1755 г. появилась первая на русском языке статья об оспопрививании и его пользе. Известно, что императрица Екатерина II вела переписку с Вольтером, который интересовался оспопрививанием в Англии и пропагандировал его. После прочтения сочинений «о пользе вариоляций» знаменитого французского врача Кондамина, она убедилась в его правоте. Толчком для проведения оспопрививания Екатерине II послужила болезнь австрийской императрицы Марии Терезии, заразившейся оспой. Российская императрица обратилась в Лондонское Медицинское Общество, которое прислало ей врача Томаса Дисмдаля, сделавшего серию опытных прививок сначала воспитанникам морского кадетского корпуса, а после получения удовлетворительных результатов и самой Екатерине Великой. Это было 12 октября 1768 г. Затем удачно была сделана прививка и наследнику престола Павлу. Примеру Государыни последовали 140 её придворных.

С 1801 г. вариоляции были заменены на более безопасные вакцинации коровьей оспы по методу Э. Дженнера. Первого октября впервые в России в Московском воспитательном доме была сделана такая вакцинация профессором Ефремом Осиповичем Мухиным питомцу Антону Петрову, переименованному по велению императрицы Марии Фёдоровны в честь этого важного события в Антона Вакцинова.

При возвращении в Петербург императрица взяла с собой из Московского воспитательного дома привитую воспитанницу и передала её Петербургскому воспитательному дому «для привития с неё оспы петербургским питомцам».